Eger hagyományosan iskolavárosnak tekinthető, a szakképzés azonban nem volt jelentős része Eger oktatási palettájának. Az 1961-es oktatási törvény rendelkezéseit a szakközépiskolák létrehozásáról a kezdetekben - hasonlóan az ország sok egyéb városához - úgy oldották meg, hogy meglévő intézményekben indítottak el szakközépiskolai osztályokat. Így indult el a Dobó István Gimnáziumban az esztergályos képzés 1962 szeptemberében. Bizonyos értelemben tehát innen datálható az iskola eredete.

1965-ös tanévben már két esztergályos osztály indult, az öt osztályban 198-an tanultak. Egyértelművé vált, hogy a Dobó keretein belül hosszabb távon nem tudják biztosítani az oktatást, a tanműhelyek itt már nem voltak tovább bővíthetők. 1966-ban elhatározás született egy ipari szakközépiskola felépítésére, mégpedig „gépipari jellegű, két ütemben megvalósítható, 16 tanulócsoportos szakközépiskola létrehozása.”

A tervek kidolgozásával 1966. június 30-án bízták meg az Építésügyi és Városfejlesztési Minisztérium Középület tervező Vállalatot. Az építmény tervezési leírásában ez áll: „Oktatási feltételek biztosítása 640 fő részére, étterem és konyha nélkül, később építendő 300 fős kollégium, és közösségi helyiségei /étterem és konyha is/ csatlakoztatási lehetőségeivel.”

Az 1. ütemben épült meg a kétszintes iskolaépület, tornateremmel, 8 tanulócsoport számára elegendő tanteremmel és kiszolgáló helyiségekkel. Mivel az északi lakótelep még épp tervezés alatt volt, fűtésre szolgáló helyiségek is kellettek, mint pl. kazánház, széntároló és salakraktár.

A 2. szakaszban a téglaalapú iskolához két földszintes nyaktaggal csatlakozott volna a műhelyépület és az ebédlő. A 3. ütemben a kollégium építése szerepelt, mely szorosan kapcsolódott volna az iskolaépülethez, szemben a mostani állapottal.

Az intézmény megépítése előtt az Eger-patak és a Rákóczi út közötti részen szanálásra ítélendő lakóházak, TSZ-udvar és veteményeskert volt található. A területet a népnyelv csak Káposztásföldként említette.
Az iskola telkéül kijelölt ingatlanon viszonylag kis terület kisajátítása árán és szanálás nélkül kezdték megépíteni az iskolaépület első szakaszát. A 2. szakaszban épülő műhelyeknél már a kisajátításon kívül bizonyos mértékű szanálás is elkerülhetetlen volt. Az iskolabejárat ekkor a Malom utca felől, a Szala-árkon keresztül volt, míg a műhelyekhez a Rákóczi út felől külön üzemi bejárat készült.

A jóváhagyott beruházási program szerint a beruházás befejezési határideje 1968. augusztus hó lett volna, de csak 1969 szeptemberétől indulhatott meg az új épületben a tanítás. Ekkor már az esztergályos osztályok mellett elektroműszerész osztályban is tanulhattak a diákok. 1969. november 22-én volt az épület ünnepélyes átadása. Az új épülettel már tervezésekor külön intézményként számoltak, így a dokumentumokban külön szerepeltették. Volt saját pecsétje, bélyegzője is, Ipari Szakközépiskola elnevezéssel. A ’népnyelv’ azonban sokáig Új Dobónak, Káposztásföldi iskolának, vagy Malom utcai szakközépiskolának nevezte.

Mivel a műhely építése csak a második lépcsőben történt meg, a két iskola működtetése nagyon összefonódott. Bár az iskolák viszonylag közel vannak egymáshoz, az átalakulás számos gonddal járt. Nem volt könnyű a pedagógiai munka megszervezése. A felsőbb osztályokban - a felmenő rendszert betartva - főként „dobós” tanárok tanítottak. Az 1970/71-es tanévre már kialakult az új szakközépiskola önálló tantestülete, számos óraadóval, de a két iskola még közös igazgatású maradt.

1971 szeptemberére elkészült a tanműhely, így különválhatott a két intézmény. Az iskola vezetésére Bálint Sándor kapott megbízást. Az épület ünnepélyes átadására 1971. december 4-én került sor. Az igazgató kezdeményezte, hogy az iskola vegye fel a Karikás Frigyes nevet, de a döntéshozók a Gép-és Műszeripari Szakközépiskola elnevezést választották.

Az iskola környéke nem volt túl rendezett, az építők csak durva tereprendezést végeztek, ami a törmelék és bizonyos mennyiségű föld elhordását és némi talajgyalulást jelentett. A környezetrendezést nehezítette, hogy nem volt véglegesítve a telekhatár, és időközben elkezdődött a kollégium építése is. A tervek annyiban módosultak, hogy a kollégium épülete már nem csatlakozik az iskolaépülethez, mintegy 30 méterre található tőle párhuzamosan a Rákóczi utcával.

A kollégium négyemeletes épületében 80 db négyszemélyes szobát alakítottak ki közös zuhanyzókkal és közösségi helyiségekkel, melyek között nem volt tanulóterem. Az épületet 1973. augusztus 18-án adták át. A kollégium igazgatói tisztségének betöltésére Horváth Sándor kapott megbízást. Bár a kollégisták többsége a GMSZ-be járt, kezdetben önálló igazgatású intézményként működött.

Bálint Sándor igazgató 1973 szeptemberében lemondott. A következő 14 hónapban megbízott igazgatók vezették az intézményt Hubai László és Varga Sándor személyében.

1973-ban kísérleti jelleggel, az országban elsők között, bevezették egy osztályban a „Szakmunkásképzési célú" szakközépiskolai oktatást. Az érettségi mellett szakmunkásvizsgát is tettek a tanulók. A kísérleti osztály tapasztalatait felhasználva ez a képzési forma később általánossá vált.

1974 szeptemberében indult el Egerben a Magyar Néphadsereg Középiskolai Katonai Kollégiuma. A honvéd kollégisták egy része iskolánkban a finommechanikai szakon kezdte meg tanulmányait. Ebben a tanévben az iskola tevékenységi köre bővült: a felnőtt képzésben elindult az Állami Energetikai és Energia-biztonságtechnikai Felügyelet engedélyével a kisteljesítményű és középnyomású szén-, olaj- és gáztüzelésű kazánfűtő tanfolyam.

Az 1974/75. tanévben az iskolavezetés célul tűzte ki a gyakorlati képzés keretein belül a termelőtevékenység bevezetését, melynek bevétele a gyakorlati oktatás színvonalát emelte. A kollégiumi igazgató kezdeményezésére a kollégium déli szárnyának minden szintjén tanulószobákat alakítottak ki két-két hálószoba összevonásával. A hálók száma így 64-re, a befogadóképesség 256-ra csökkent. (Az északi oldalon 1980-ban került sor a tanulószobák hasonló kialakítására.)

1975. január elsejétől a minisztériumban dolgozó Basa Károly kapott megbízást az igazgatói feladatok ellátására. Egy év múlva, amikor a helyi pártszerv előtt kellett megjelennie, már eredményekről számolhatott be. A laza munkafegyelem megerősödött, a képzés szervezetté vált, szoros kapcsolat alakult ki az üzemekkel. Az iskola tanulói egyre jobb eredménnyel vettek részt az Országos Középiskolai és Szakmai Tanulmányi Versenyeken.

Az 1975/76-os tanévben egy levelező tagozatos osztály indult Sirokban a Mátravidéki Fémművekben. Említésre méltó a tanév történetében, hogy az iskola a Videotontól is jelentős támogatást kapott. 1976 végén Basa Károly távozott az intézmény éléről. Két hónapig Tóth Balázs volt a megbízott igazgató. 1977. március 1-én Bak László kapott igazgatói kinevezést.

Az 1977/78-as tanévben villamos szakon is kezdetét vette a szakközépiskolai célú oktatás. A tanulók munkába állását, elhelyezkedését az egyre gyarapodó, bővülő üzemek, melléküzemágak biztosították. A vállalatok tanulmányi szerződések megkötésével is igyekeztek megnyerni maguk számára a jól képzett szakmunkásokat.

Az 1978. szeptember 1-én központi intézkedésre közös igazgatás alá került az iskola és a kollégium. Az ezt követő tanévben Horuczi Endre vette át a kollégium vezetését.

Az 1980/81-es tanév legjelentősebb eseménye az OSZTV döntőjének megrendezése volt, amely az iskola oktató-nevelő munkájának országos elismerését is jelentette. Ebben az évben vette fel a kapcsolatot az intézmény a plovdivi Dimitar Matevszki Általános és Középiskolával sportcélú rendezvények kölcsönös együttműködése céljából.

A 80-as évek elején a vállalatoknak a gyakorlati oktatásba való még szorosabb bekapcsolódása érdekében az iskola együttműködési szerződést kötött a Finomszerelvénygyárral, a Csepel Autógyárral, a VILATI-val és a KAEV-val. Növekedett a tanulók és a vállalatok között megkötött társadalmi szerződések száma is.

1982. március 1-jén Szabó Péter kapott megbízást az igazgatói feladatok ellátására, melyet nyugdíjba vonulásáig végzett eredményesen az intézmény országos hírnevének megerősítésével és gondozásával.

Az 1982/83-as tanévet az oktató-nevelő munka megszilárdításának és fejlesztésének feladatai jellemezték. A munkaközösségek összevonásával létrejött a humán és reál munkaközösség. Az intézmény szakmai kapcsolatot kezdeményezett a drezdai Energiebau iskolájával. A tanulók és tanárok megismerték a német iskola szakmai programját, illetve lehetőség nyílt az intenzívebb nyelvtanulásra. Ebben a tanévben megtörtént a kéthetes ciklusról az ötnapos munkahétre való áttérés is a tananyag változatlanul hagyása mellett.

Az 1983/84. tanévben megépült az iskola és a kollégium közötti összekötő folyosó. A kollégiumvezetői feladatokat fél évig Kalina István látta el, majd 1984 februárjától Bulejsza József, az iskola műszaki tanára vette át az intézményegység vezetését.
Az elmélet és a gyakorlat egységének megteremtése érdekében átalakultak a szakmai munkaközösségek: létrejött a gépi forgácsoló, kézi forgácsoló és műszerész munkaközösség. A tanév során új szak, a gépszerkesztő indult meg, amelyhez a műhelygyakorlati oktatás feltételeit is megteremtette az iskolavezetés. Ebben a tanévben kezdődött meg az angol nyelv tanítása is.

Az 1985/86-os tanévben megindult a nappali tagozatos technikusképzés. Ez a tanév az egyik legsikeresebb időszak volt a megyei és országos versenyeken elért helyezések szempontjából. Az informatika jelentőségének felismerése új innovációt generált, a számítástechnikai szaktantermek kialakítását. A zsúfoltság megszüntetése érdekében szükségessé vált az iskola további bővítése. Ennek során új osztálytermek, szaktantermek, laboratóriumok kialakítására volt lehetőség, és mód nyílt az iskolai könyvtár méltó elhelyezésére is.
A trevisói Fermi Középiskolával kialakult kapcsolat révén a két iskola diákjai és tanárai kölcsönösen megismerhették az olasz illetve a magyar szakképzés jellegzetességeit.

1988-ban a tanulók téli sportolásának elősegítése érdekében az iskola együttműködési megállapodást kötött a besztercebányai Sportgimnáziummal. Ennek értelmében az iskola tanulói kedvezményes sítáborban vehettek részt Besztercebányán február vagy március hónapban. A szlovák diákok és tanáraik júliusban kapnak elhelyezést félpanziós ellátással az intézmény kollégiumában. Ez az együttműködés a mai napig is sikeres kapcsolatot biztosít a két fél között.

Az 1989/90. tanévben végeztek először az 5 éves gépgyártás-technológiai, finommechanikai és automatizálási, valamint elektronikai technikus szakon tanulók.

1991-ben a GMSZ többoldalú szerződést írt alá a Munkaügyi Minisztériummal, a Művelődési és Közoktatási Minisztériummal és Eger MJV Polgármesteri Hivatalával az „Emberi erőforrások fejlesztése” világbanki hitel tárgyában.

Az 1991/92. tanévben az iskola a szakmai, pedagógiai munkában elért fejlődése elismeréséül megbízást kapott az Országos Szakmai Tanulmányi Versenyek (OSZTV) ipari, közlekedési, postaforgalmi döntőinek megrendezésére. A versenyeken 91 iskolából 277 tanuló vett részt, ketten közülük az iskola tanulói. E tanévben jelentősen növekedett a továbbtanulók és a sikeresen nyelvvizsgázók száma. Ugyanakkor általánossá vált a tanulók számítástechnikai és informatikai képzése.

1993-ban szakmai megállapodás jött létre a svéd Karlstad Nobel Gimnáziummal, melynek eredményeként az következő három évben 10 - 10 tanuló szakmai cseregyakorlaton vett részt.

A társadalomban és a gazdaságban bekövetkezett változások modernizálást követeltek az iskolában is. Az iskola kezdettől fogva bekapcsolódott az „Emberi erőforrások fejlesztése”, a Világbank által is támogatott programba. Előtérbe kerültek az általánosan művelő tárgyak, megerősödött az idegen nyelv oktatása, és megjelent az informatika. A mai kerettanterveknek megfelelő képzés 1993-ban „Világbanki Program”-ként az elsők között indult az iskolában.

A kollégium lapostetős kialakítása miatt gyakoriak voltak a beázások, ezért 1993-ban magastető került az épületre, mely lehetőséget adott a tetőtér későbbi beépíthetőségére is.

1995-ben újabb kapcsolattal bővült az iskola együttműködési palettája. A freibergi "Julius Weisbach" Technológiai és Üzleti Szakiskolai Központ hosszú éveken keresztül nyújtott lehetőséget a német nyelvet tanuló diákok és tanáraik számára a szakmai tájékozódásra és a nyelvgyakorlásra.

1996. december 4-én az intézmény - önállóvá válásának 25. évfordulóján – felvette a magyar származású Nobel-díjas fizikus, Wigner Jenő nevét. Kezdetben még sokan „GMSZ”-ként említették, de néhány év alatt rögzült a köztudatban a Wigner Jenő Műszaki, Informatikai Középiskola és Kollégium elnevezés. Az iskola igazgatója az évforduló kapcsán az alábbiak szerint fogalmazta meg az intézmény pedagógiai-szakmai hitvallását:„25 év nem hosszú idő egy iskola életében, de ezen idő alatt már kialakultak azok az állandónak tekinthető értékek, amelyek jegyében végbement az alapítástól napjainkig terjedő időszakot jellemző nagymértékű fejlődés. Ilyen értékeink: széles körű általános műveltséget, a gazdaság és a társadalom igényeinek megfelelő szakmai tudást adni a tanulóinknak és a társadalomba beilleszkedni tudó, munkát szerető, tovább fejlődni és tartalmas életvitelére képes emberré nevelni őket”

1998-ban kapcsolódott be az intézmény a Piacorientált szakképzés fiataloknak c. – programhoz. A program keretében érettségire épülő, az Országos Képzési Jegyzékben fellelhető korszerű szakképesítések kompetencia elvű képzési programjainak a fejlesztése folyt. A szaktanárok elsajátították a munkakör-elemzésen alapuló tananyagfejlesztés módszereit.

1999-ben a felsőfokú mérnökasszisztens képzéssel bővült a képzési rendszer. A Miskolci Egyetem Gépészmérnöki Karával együttműködve az 1999/2000-es tanévben elindult az oktatás a villamos –mérnökasszisztens szakon, majd a következő tanévtől gépész-mérnökasszisztens szakon is megkezdődött a képzés. Az oktatást az iskola végezte a miskolci egyetem felügyelete és minőségbiztosítása mellett. A tanulmányok két éve alatt összesen 59-credit pontot lehetett megszerezni, mely a miskolci egyetemen két szemesztert jelentett.

Az intézmény névadóján felavatott Wigner Jenő mellszobrot az iskola igazgatójának és Kárpáti Lajos nevelőtanárnak a kezdeményezésére továbbiak követték. Egy nagyszabású terv eredményeként négy év alatt megépült a Magyar származású Nobel-díjasok emlékparkja. Az ünnepélyes átadásra 2000. június 9-én került sor. A parkot és a bejáratnál elhelyezett emléktáblát Szabó Péter igazgató és Marx György akadémikus, az Eötvös Loránd Fizikai társulat elnöke avatta fel.

Az intézmény 2001 szeptemberében csatlakozott a Commenius 2000 programhoz. A program végrehajtása során 2003-ra kiépült a Közoktatási Minőségfejlesztési Program I. intézményi modellje.

2001. február 20- án Heves megye főjegyzőjétől egy új iskola kapott működési engedélyt az intézmény területén belül, a KONTAWIG Műszaki és Üzlettudományi Szakképző Iskola. Az első évfolyam 2001. szeptember 1-jén kezdte meg tanulmányait. Az iskolát közhasznú szervezetként a Műszaki és Üzleti Oktatásért Alapítvány tartotta fenn, melyet a Gyegép kft. tulajdonosa és ügyvezető igazgatója, Gyetvai Zsolt hozott létre. Az első fémforgácsoló- és villamosgép-és készülékszerelő szakmunkások 2005 júniusában léphettek ki a munkaerőpiacra.

2002. augusztus 1-től a Wigner Középiskola is alapítványi fenntartásúvá vált. 2002. április 30-án vált jogerőssé a Heves Megyei Bíróság végzése, amely kiemelkedően közhasznú szervezetként bejegyezte a Wigner Iskola Közalapítványt. A közalapítványt Eger Megyei Jogú Város Önkormányzata hozta létre azzal a feladattal, hogy működtesse intézményét. Az iskola továbbra is integrálódott az egri iskolaszerkezetbe, melyet a közalapítvány és az önkormányzat „Alapmegállapodás”-ban rögzített.

2003. szeptember 11-én a szakmai képzés színvonalának és a gyakorlati oktatás eredményességének emelése érdekében a Wigner Iskola Közalapítvány létrehozta a WIGNER Szakoktatási és Továbbképző Korlátolt Felelősségű Társaságot. A Wigner Szakoktatási Kft. a közalapítvány 100 %-os tulajdona.

2004-ben az emelkedő tanulólétszám miatt szükségessé vált a férőhelyek bővítése, ezért a főépületben tetőtér kialakításával újabb tantermek kiépítésére került sor.

A 2005. év elején az iskola bekapcsolódott az EU által támogatott Humán Erőforrás operatív Program keretében megvalósuló „Térségi Iskola és Óvodafejlesztő Központ megvalósítása a kompetencia-alapú tanítási-tanulási programok elterjesztéséért.” (TIOK)

2006-ban a szakképzés ágazati irányítása a Szociális és Munkaügyi Minisztériumhoz került. A TISZK-ek törvényi szabályozásával létrejött egy olyan intézményfenntartói és intézményi hálózat, amelynek szakképzési feladatellátása (képzési struktúra, tanulólétszámok) regionális szinten koordinált és vezérelt lehet. Az iskola a változó szakképesítéshez alkalmazkodva részt vállalt az Agria Tiszk megalapításában, és átalakította képzési szerkezetét is.

A 2008/2009 tanévben elindultak az alábbi szakképesítések:Gépgyártás-technológiai technikus, Informatikai hálózat telepítő és üzemeltető, Gépipari mérnökasszisztens. A 2009/ 2010 tanévre a szakképesítés tovább bővült az Automatikai műszerész szakkal, melyet a 2011/2012 tanévtől felváltott az Automatikai technikus képzés.

2009. augusztus 31-én Szabó Péter igazgató nyugdíjba vonult. A Wigner Iskola Közalapítvány Busák Istvánt, az iskola műszaki igazgatóhelyettesét bízta meg az intézmény vezetésével.

2010. január 1-től az iskolához kötődő intézményegység vezetésében is személyi változás történt. Bulejsza József nyugdíjba vonulásával Kiss Ferenc vette át kollégium vezetését. Nyáron a gyakori beázások miatt már használhatatlanná vált „piros folyosó” lebontásra került. Az iskola és a kollégium közötti összeköttetés egy korszerű átjáró építésével lett biztosítva a régi nyomvonalon.

2011/12-es tanévtől a nyelvi előkészítő és a 9. évfolyamon is indult reáltagozatos képzés kiemelten kezelve a matematika és a fizika oktatását. A középiskolai katonai képzés Egerben a GMSZ egyik osztályában indult, ebből fejlődött ki később a Katonai Gimnázium. A társadalmi igény és a tradíciók hatására katonai alapismeretek tantárgy oktatásával ebben a tanévben kezdődött el a napjainkig is töretlen népszerűségnek örvendő katonai tagozat működése. Pályázati forrásból az iskola és a kollégium irodabútorainak teljes cseréjére és teakonyhák kialakítására is ekkor került sor.

2013/14. tanévtől a jogszabályi változások miatt a felsőfokú mérnökasszisztens képzés átkerült a felsőoktatás hatáskörébe, ezért új osztály indítására már nem került sor. Ebben az évben az intézmény működési engedély módosítása iránti kérelmet nyújtott be, melynek eredményeként új alapfeladat ellátásaként gimnáziumi képzésre is engedélyt kapott.

2015-ben energiakorszerűsítési pályázat eredményeként lehetővé vált a külső nyílászárók cseréje és a főfalak szigetelése. Az épületek zöld árnyalatú vakolata új megjelenést adott az intézménynek.

2017/18. tanévben a köznevelési törvény előírásai alapján a régi szakközépiskolai képzést a szakgimnázium váltotta fel, a szakiskola pedig szakközépiskola elnevezést kapott. Ezt az intézmény nevében is meg kellett jeleníteni.

A 2018/19. tanévben a megrendelői igényeket figyelembe véve ismét indult nyelvi előkészítő osztály.

A szakmaszerkezeti döntések értelmében a Kontawig Szakközépiskola 2018-tól már nem tudott tanulókat beiskolázni, ezért 2020. június 30-i hatállyal beolvadt a Wigner Középiskolába. A hároméves képzésen résztvevő gépi forgácsoló és villanyszerelő tanulókat ettől kezdődően itt oktatják.

A Honvédelmi Minisztériummal kötött megállapodás alapján lehetővé vált a következő tanévtől a Katonasuli program mellett Honvédelem ágazati képzés indítása is.

A 2010-es évek végére az alapítványi intézmények finanszírozási forrásainak korlátai miatt egyre nehezebbé vált az intézmény működtetése. Az alapítvány kuratóriuma kereste a továbblépés lehetőségét, melyet a Hit Gyülekezete keretében talált meg. Ezzel az egyházzal már az előző közös pályázati munkák során is sikerült nagyon jó együttműködést kialakítani, ezért örömmel vettük, hogy megkeresésünkre pozitív visszajelzést adtak. 2020.február 25-én Horváth András oktatási főigazgató szándéknyilatkozatot tett az intézmény fenntartói jogának átvételére. A szükséges egyeztetéseket követően 2020. szeptember 1-jei hatállyal az intézmény fenntartójává a Hit Gyülekezete vált.